Zetsu Blanco y Zetsu Negro
Zetsu fue el encargo de capturar a Fuu de la cascada (Ex Jinchuriki del nanabi o 7 colas) se desconoce cuando fue capturada. En el manga se revela que el Zetsu Blanco original es asesinado por Sasuke Uchiha cuando este se da cuenta de su Fuumetsu Mangekyou Sharingan y Zetsu Negro fue derrotado por Chojuro uno de los 7 espadachines de la neblina.
Pain y Konan
Un equipo que se lleva muy bien el uno con el otro integrante. Esto se nota porque Konan es el único miembro que dice el verdadero nombre de Pain (Nagato). Como el líder de Akatsuki, Pain dirige el resto de la organización a sus metas respectivas, su interacción más directa con la organización es usar la Técnica de sellado: Sello Completo de Nueve Dragones Ilusorios. Pain es el líder de la Aldea Oculta de la Lluvia, y ostenta un título de dios de parte de los aldeanos. Konan tiene el título del "Ángel de Dios" ya que hace trabajos de parte de Pain, y se podría considerar la líder de dicha aldea. Tras la muerte de Pain y el abandono de Akatsuki por parte de Konan el equipo se disolvió. Ahora, se asume que Konan es la líder de la aldea de la lluvia, pues ofreció a Naruto Uzumaki todo el apoyo de ésta, Después es asesinada por Madara ya que esté quería el Rinnegan.
Sasori y Orochimaru
Según Sasori, él y Orochimaru trabajaban bien como un equipo, pero desde que Orochimaru abandonó Akatsuki al no poder robar el cuerpo de Itachi Uchiha, Sasori empezó a tener rencor contra su ex-compañero. Varios años después ambos morirían; Sasori murió en batalla a manos de Chiyo y Sakura, mientras que Orochimaru fue asesinado por Itachi en la batalla de los hermanos Uchiha, Susanoo absorbe todo el chackra de Orochimaru.
Itachi Uchiha y Kisame Hoshigaki
Era un dúo que trabajaba bien, entre los dos integrantes y era efectivo; esto se debe a sus buenas relaciones y el hecho de que se complementan como opuestos; es decir, Itachi es un experto en jutsus de Fuego y Kisame en Técnicas de Agua, Itachi es muy rápido y talentoso en Genjutsu, Kisame en fuerza brutal; en esencia son opuestos. Al serlo son, al parecer, casi invencibles. En lo que concierne a las misiones, este equipo cumplía casi todas las misiones encargadas por Pain sin ninguna dificultad, siendo la captura del Kyūbi la única excepción, debido a la aparición de Jiraya. Itachi y Kisame se llevaban bien el uno con el otro, casi sin conflictos entre ellos; Kisame hacía todo lo que Itachi le pedía sin dudar y hablan amistosa mente cuando no entraban en combate. Este equipo se separó después de que Itachi muriera en batalla contra Sasuke Uchiha. Posteriormente moriría Kisame, suicidándose, para no revelar los secretos de akatsuki.
Kakuzu y Hidan
Un equipo muy efectivo, aunque demasiado revoltoso, estaban normalmente haciendo trabajos que no tenían nada que ver con Akatsuki y siempre llegando tarde a las misiones y reuniones de Akatsuki. Pain decidió poner a estos dos juntos por sus habilidades únicas. Hidan, como resultado de "un experimento de la secta de Jashin", no puede ser asesinado aunque le decapiten y Kakuzu puede entrar en un estado de ira y puede matar a quién se le cruce en el camino, incluyendo a su compañero. Por lo tanto, con Hidan, Kakuzu puede enfurecerse y no tendría que preocuparse por buscar un nuevo compañero más tarde. Ellos han mostrado la mayor mala sangre entre un dúo de Akatsuki: Kakuzu ve los rituales y la religión de Hidan como una pérdida de tiempo, y Hidan ve la disposición de Kakuzu para hacer cosas blasfemas y su codicia como algo insoportable, sin mencionar que el trabajo de cazarrecompensas de Kakuzu normalmente vuelve loco a Hidan. Su equipo fue asignado para capturar el Gato Demonio de Dos Colas, pero luego decidieron capturar a otro objetivo. Como estuvieron cerca del País de Fuego después de capturar a Yugito Nii; tras sellar a la Bestia de Dos Colas, decidieron perseguir al Zorro Demonio de Nueve Colas. Kakuzu murió y Hidan fue permanentemente discapacitado en el País de Fuego, disolviendo al equipo.
Deidara y Tobi
Un equipo formado tras la muerte de Sasori. Tobi fue presentado como un reemplazó fácilmente encontrado. A pesar del entusiasmo de Tobi para complacer a su "senpai", su actitud infantil fue vista como una molestia a las expectativas de Deidara de la organización por lo tanto tienen en ocasiones ciertas discusiones chistosas que hacen enfadar a Deidara. Aparte de eso, los dos trabajaban bien juntos, con Tobi plantando la arcilla explosiva bajo tierra durante las peleas, aunque más adelante se descubrió que Tobi nunca tuvo ningún interés en ayudar a Deidara a vencer a Sasuke. Cuando Deidara estaba a punto de autodestruirse para intentar matar a Sasuke Uchiha, se disculpó con Tobi, diciendo que él también podría meterse en la explosión.